Реалбест рнк sars cov 2

Что означает результат RT-PCR теста

Положительный результат теста PCR-RT указывает на высокую вероятность активной инфекции COVID-19 и подозрение, что пациент может заразить других. Результат не указывает, когда произошла инфекция или каковы будут симптомы.

Отрицательный результат теста PCR-RT означает, что во время теста испытуемый, вероятно, не был инфицирован. Однако заражение может произойти позже. 

Если появляются респираторные симптомы, отрицательный результат может указывать на другое клиническое состояние (например, грипп). Также возможно, что количество вируса SARS-CoV-2 в образце недостаточно для его обнаружения. Это может быть связано с неправильным отбором проб или заражением, которое слишком рано для обнаружения вируса.

Откуда появился коронавирус

К наиболее опасным для человека коронавирусам относятся:

• SARS-CoV (ТОРС) – тяжелый острый респираторный синдром, который впервые выявлен в 2002 г. в Китае. Природным резервуаром этого коронавируса являются летучие мыши (промежуточным хозяином могут быть мелкие млекопитающие, например, циветты). Случаи заболевания зарегистрированы в 29 странах (8437 случаев), летальность составляет 9,6%.
• MERS-CoV (коронавирус ближневосточного респираторного синдрома) – зоонозное заболевание, природным резервуаром для которого являются летучие мыши, а промежуточным хозяином – одногорбые верблюды. От человека к человеку передается при тесном контакте. Впервые выявлен в 2012 г. на Аравийском полуострове, зарегистрирован в 27 странах мира. Количество больных на 2019 г. составляет около 2500 случаев, летальность – 34,4%.
• SARS-CoV-2 (COVID-19), возбудителем которого стал новый штамм коронавируса. Природным резервуаром этого штамма в настоящее время считают летучих мышей, поскольку его РНК на 90% совпадает с коронавирусом, выявленным у летучих мышей. Промежуточный хозяин в настоящее время неизвестен. Генетическая последовательность нового коронавируса на 79% совпадает с генетической последовательностью вируса SARS-CoV. От человека к человеку передается воздушно-капельным путем, отличается длительным инкубационным периодом (1-14 дней), высокой контагиозностью (один больной может заразить от 2 до 4 человек) и возможностью бессимптомного носительства. Обнаруженный в конце декабря 2019 г. в китайской провинции Ухань COVID-19 быстро распространился по миру несмотря на карантинные меры, и уже 11 марта 2020 г. ВОЗ объявил, что новое заболевание приобрело характер пандемии. Количество больных по странам и смертность от коронавируса показывает статистика в реальном времени.

Морфологические характеристики

Коронавирусы – это одни из самых крупных оболочечных вирусов с размером генома от 27 до 34 тысяч пар оснований, достигают размеров 120-160 нм.

Отличаются округлой изменяющейся формой и сформированными из гликопротеина или триммеров гликопротеина S булавовидными поверхностными отростками от 10 до 25 нм (у SARS-CoV-2 эти отростки составляют 12-15 нм).

Некоторые представители семейства обладают дополнительным поверхностным гликопротеином HE, но у SARS-CoV-2 этот слой отсутствует.

Липидный биослой оболочки коронавируса содержит структурные белки:

• мембраны (трансмембранный белок М);
• оболочки (фосфорилированный белок N);
• гликопротеиновых шипов (S).

Под оболочкой располагается нуклеокапсид (вирион) – полностью сформированная вирусная частица, которая включает в себя нуклеиновую кислоту и внешнюю белковую оболочку (капсид).

Белок N и геномная вирионная РНК формируют сердцевину нуклеокапсида – рибо-нуклеопротеиновый тяж из уложенных по спирали белковых глобул, внутри которого располагается генетический материал коронавируса.

Нуклеокапсид коронавируса обладает высокой стабильностью благодаря наличию кэп-структуры (модифицированных нуклеотидов) на 5-м конце матричной РНК. К 3-му концу матричной РНК (мРНК) присоединены фрагменты мРНК, которые позволяют образовывать различные мРНК одного гена и транспортировать мРНК из ее ядра.

Структурная организация генома коронавируса выглядит как (+)Кэп__________ААА – 5’-Кэп, 3’-полиадениловый трек.

Техника безопасности

Защитные меры биобезопасности принимаются в соответствии с уровнем риска экспериментального процесса. Индивидуальная защита применяется в соответствии с требованиями лабораторной защиты BSL-3 (соответствует 2 уровню биологической безопасности в России – Прим. пер.) для сбора образцов отделяемого из дыхательных путей, исследования на наличие нуклеиновых кислот и действий по культивированию вируса. Средства индивидуальной защиты в соответствии с требованиями лабораторной защиты BSL-2 (соответствует 3 уровню биологической безопасности в России – Прим. пер.) применяются при биохимических, иммунологических исследованиях и других обычных лабораторных исследованиях. Образцы следует перевозить в специальных транспортных контейнерах, отвечающих требованиям биобезопасности. Все лабораторные отходы только автоклавируются.

Как лечат COVID-19?

Лечения против вируса, который вызывает COVID-19, пока не существует. Лечение состоит в основном из облегчения симптомов, то есть введения болеутоляющих средств – ацетаминофена, сиропов или средств от кашля. Пациенты должны много отдыхать и пить достаточно жидкости. 

Тяжелая форма заболевания может потребовать госпитализации и введения кислорода. При возникновении серьезных симптомов, например, затруднении дыхания, немедленно обратитесь к врачу.

Сейчас ученые ищут дополнительные варианты лечения среди лекарств от других заболеваний, лекарств против других вирусов. Также тестируется лечение плазмой с антителами, полученной от людей, которые выздоровели от инфекции COVID-19.

Лечение коронавируса SARS-CoV-2 (2019-nCoV)

Оптимальную схему лечения нового коронавируса SARS-CoV-2 (заболевание COVID-19) врачи различных стран все еще разрабатывают. Некоторые ученые, например в Японии утверждают, что уже нашли сыворотку от данного вируса.

Однако, пока специфические противовирусные препараты разрабатываются, все сходятся во мнении, что прежде всего терапия должна быть направлена на поддержание функций жизненно-важных органов, т.е. применяется симптоматическое лечение.

1. Медикаментозное лечение

Министерство Здравоохранения РФ 03.02.2020 г. опубликовало временные методические рекомендации по лечению вирусной инфекции COVID-19, в которой указаны следующие противовирусные препараты против этого вируса – «Рибавирин», «Лопинавир/Ритонавир», «Рекомбинантный интерферон бета-1b».

Для контроля за температурой тела- если она повышается до критических отметок (40 °С и выше) или не проходит в течение нескольких дней, держась на уровне 38,5 °С у взрослых и 38 °С у детей, применяются жаропонижающие лекарства — «Парацетамол».

В начале вспышки болезни применяли лекарства из группы нестероидные противовоспалительные препараты (НПВС) – «Ибупрофен», «Нурофен», «Нимесил» и прочие, однако от них выявлен эффект усиления течения болезни и появления осложнений, поэтому Ибупрофен и прочие средства при лечении КОВИД-19 запрещен.

При средне-тяжелом и тяжелом поражении проводится дезинтоксикационная терапия, целью которой является очищение организма, в частности, крови от продуктов инфекционного поражения, состоящих из самих микробов, а также продуктов их жизнедеятельности в организме. Для детоксикации организма применяются растворы глюкозы («Декстроз»), электролитов (полиионные растворы), «Декстран», растворы кристаллоидов, «Гидрокарбоната натрия». После этих средств применяются диуретики (мочегонные средства) – «Фуросемид», «Маннитол».

Применение диуретиков также способствует снижению отечности в легких, частично профилактируя тем самым обструкцию дыхательных путей.

При сильном насморке и заложенности носа, выраженной отечности носовых ходов назначаются сосудосуживающие капли — «Фармазолин», «Отривин», «Нокспрей» и прочие.

При нарушении дыхательной функции применяют ИВЛ (искусственная вентиляция воздуха), а при необходимости делают интубацию трахеи.

Китайские медики также с успехом испробовали лечить пневмонию, вызванную SARS-CoV-2 экстракорпоральной оксигенацией, суть которого заключается в искусственном насыщении крови кислородом, тем самым улучшив дыхательную функцию организма.
Гормональные препараты (глюкокортикостероиды) при COVID-19 в отличие от пневмонии, вызванной SARS-CoV-1 и MERS-CoV применять не рекомендуется, т.к. замечен незначительный результат по снятию воспалительного процесса, но, в это же время, гормоны замедляли действие иммунитета по купированию нового коронавируса.

Антибиотики против вирусной инфекции также не назначаются, поскольку они не обладают против них никаким пагубным действием, а вот дополнительно понизить реактивность иммунитета при их применении вполне возможно. Назначение антибактериальных препаратов целесообразно лишь при вторичной бактериальной инфекции.

2. Диета при COVID-19

Цель диетического питания при коронавирусах – поддержать организм и аккумулировать его силы на борьбу с инфекцией.

При ОРВИ, пневмонии и других инфекционных заболеваниях дыхательной системы назначается диета №13 (стол №13).

При данной диете не рекомендуется к употреблению жирного, острого, жаренного, копченостей, крепкого чая, кофе, и конечно же, алкогольной продукции.

Профилактика

Специфическая профилактика COVID-19 (при помощи вакцины)в настоящее время находится в стадии разработки.

К неспецифической профилактике коронавируса относят:

• Изоляцию пациентов в отдельные боксы или палаты в инфекционном стационаре, где проводится уход и лечение. Выписка проводится после двух отрицательных результатов ПЦР-теста.
• Использование медицинских масок (необходимо менять их каждые 2 часа), применение средств индивидуальной защиты для медработников (защитный комбинезон и т.д.), дезинфекцию помещений, утилизацию медицинских отходов, транспортировку больных специальным транспортом.
• Своевременное обращение больных в медучреждения.
• Ограничение контактов на близком расстоянии.
• Соблюдение температурного режима и оптимальной влажности в помещении.
• Увлажнение слизистых оболочек верхних дыхательных путей.
• Регулярное мытье рук.

Также рекомендуется не посещать места большого скопления людей и регионы, где зарегистрированы вспышки заболевания.

Диагностика

Подозрительным на COVID-19 случаем считается случай, при котором присутствуют:

• признаки острого респираторного вирусного заболевания, бронхита или пневмонии;
• наличие в анамнезе посещения неблагополучных по COVID-19 регионов или стран;
• были тесные контакты с лицами, которые впоследствии заболели (SARS-CoV-2 подтвержден лабораторно).

К вероятным случаям относят лиц с симптомами пневмонии, острого респираторного дистресс-синдрома или сепсиса в сочетании с эпидемиологически неблагополучным анамнезом.

Подтвержденным случаем считается лабораторное подтверждение методом ПЦР инфицирования SARS-CoV-2 независимо от наличия или отсутствия симптомов заболевания.

Диагностика коронавируса основана на:

• Изучении эпидемиологического анамнеза – уточняется, находился ли пациент в течение последних 14 дней до появления симптомов в очаге эпидемии, были ли контакты с лицами, болеющими коронавирусом или ОРВИ.
• Клинической картине заболевания. Проверяется, присутствуют ли признаки дыхательной недостаточности, измеряется содержание кислорода в крови (признак гипоксемии – уровень менее 90% для взрослого при пульсоксиметрии), оцениваются гемодинамические нарушения, гематологические изменения, синдром полиорганной недостаточности (развивается вследствие системного воспалительного процесса организма. Также изучается развернутый анализ крови, который при COVID-19 характеризуется снижением уровня лейкоцитов, лимфоцитов и тромбоцитов. Для оценки тяжести состояния изучают уровень активности печеночных ферментов (АЛТ, АСТ), коагулопатических маркеров, протромбина, МНО, Д-димера, прокальцитонина, пресипсина, СРБ.

Обследование включает:

• Тест на коронавирус, для которого берется назофарингеальный мазок, позволяющий выявить при помощи метода ПЦР антигены к SARS-CoV-2 и других известных возбудителей, вызывающих респираторные инфекции (грипп А и В, парагрипп, аденовирусы, риновирусы, бокавирусы, SARS и MERS, сезонные коронавирусы, метапневмовирусы, респираторно-синцитиальный вирус). Экспресс-тест позволяет выявить антитела к коронавирусу, которые появляются на 3-7 день заболевания, поэтому они используются для предварительной диагностики.
• Общий анализ крови и мочи.
• Биохимический анализ крови.
• Анализ мокроты.
• Рентгенографию органов грудной клетки.

В качестве биологического материала для исследования используют назофарингеальный аспират, промывные воды бронхов, кровь, мочу, мокроту, аутопсийный материал легких. Биообразцы, которые считаются потенциально инфекционными, хранятся при температуре от +2 до +8 в течение суток.

КТ

Преимущество КТ-диагностики при наличии клинической картины – это  скорость постановки диагноза и более высокая чувствительность по сравнению с реальностью ПЦР-диагностики: 97,2 % против 83,3% согласно данным небольшого китайского исследования []. Начиная с 4-5 дня заболевания можно различить участки «матового стекла», на стадии прогрессирования такие участки консолидируются,  возникает симптом «булыжной мостовой», «обратного гало», а в пиковая стадии — «белое легкое» []. Возникает закономерный вопрос: отличается ли картина пневмонии, вызванной именно новым коронавирусом, от заболеваний другой вирусной природы. Ответ — нет. Вирусные пневмонии, будь то аденовирус, грипп или другие респираторные вирусы, выглядят на КТ одинаково.

Однако в условиях пандемии, когда подавляющее большинство вирусных пневмоний имеют коронавирусную природу, использование КТ для диагностики становится более чем оправданным.

 В последней версии методических рекомендаций Минздрава по профилактике, диагностике и лечению COVID-19 указано, что «наличие клинических проявлений в сочетании с характерными изменениями в легких по данным КТ или обзорной рентгенографии органов грудной клетки вне зависимости от результатов однократного лабораторного исследования на наличие РНК SARS-CoV-2 и эпидемиологического анамнеза» является клинически подтвержденным случаем COVID-19 []. Отметим также, что объем поражения легких при РГ и КТ может не соотносится с тяжестью состояния пациента.

Список литературы

1. Wu F., Zhao S., Yu B., Chen Y.M., Wang W., Song Z.G., et al. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. 2020; 579(7798): 265-9. DOI: http://doi.org/10.1038/s41586-020-2008-3

2. Zhou P., Yang X.L., Wang X.G., Hu B., Zhang L., Zhang W., et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020; 579(7798): 270-3. DOI: http://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7

3. Morse J.S., Lalonde T., Xu S., Liu W.R. Learning from the past: possible urgent prevention and treatment options for severe acute respiratory infections caused by 2019-nCoV. Chembiochem. 2020; 21(5): 730-8. DOI: http://doi.org/10.1002/cbic.202000047

4. Song W., Gui M., Wang X., Xiang Y. Cryo-EM structure of the SARS coronavirus spike glycoprotein in complex with its host cell receptor ACE2. PLoS Pathog. 2018; 14(8): e1007236. DOI: http://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007236

5. He J., Tao H., Yan Y., Huang S.Y., Xiao Y. Molecular Mechanism of Evolution and Human Infection with SARS-CoV-2. Viruses. 2020; 12(4): 428. DOI: http://doi.org/10.3390/v12040428

6. Banerjee A., Kulcsar K., Misra V., Frieman M., Mossman K. Bats and coronaviruses. Viruses. 2019; 11(1): 41. DOI: http://doi.org/10.3390/v11010041

7. Tipnis S.R., Hooper N.M., Hyde R., Karran E., Christie G., Turner A.J. A human homolog of angiotensinconverting enzyme. Cloning and functional expression as a captopril-insensitive carboxypeptidase. J. Biol. Chem. 2000; 275(43): 33238-43. DOI: http://doi.org/10.1074/jbc.M002615200

8. Lambert D.W., Yarski M., Warner F.J., Thornhill P., Parkin E.T., Smith A.I., et al. Tumor necrosis factor-alpha convertase (ADAM17) mediates regulated ectodomain shedding of the severeacute respiratory syndrome-coronavirus (SARS-CoV) receptor, angiotensin-converting enzyme-2 (ACE2). J. Biol. Chem. 2005; 280(34): 30113-9. DOI: http://doi.org/10.1074/jbc.M505111200

9. Hamming I., Cooper M.E., Haagmans B.L., Hooper N.M., Korstanje R., Osterhaus A.D., et al. The emerging role of ACE2 in physiology and disease. J. Pathol. 2007; 212(1): 1-11. DOI: http://doi.org/10.1002/path.2162

10. Li M.Y., Li L., Zhang Y., Wang X.S. Expression of the SARSCoV-2 cell receptor gene ACE2 in a wide variety of human tissues. Infect. Dis. Poverty. 2020; 9(1): 45. DOI: http://doi.org/10.1186/s40249-020-00662-x

11. Li W., Moore M.J., Vasilieva N., Sui J., Wong S.K., Berne M.A., et al. Angiotensin-converting enzyme 2 is a functional receptor for the SARS coronavirus. Nature. 2003; 426(6965): 450-4. DOI: http://doi.org/10.1007/s00018-004-4242-5

12. Huang C., Wang Y., Li X., Ren L., Zhao J., Hu Y., et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet. 2020; 395(10223): 497-506. DOI: http://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30183-5

13. Chen N., Zhou M., Dong X., Qu J., Gong F., Han Y., et al. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet. 2020; 395(10223): 507-13. DOI: http://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30211-7

14. Holshue M.L., DeBolt C., Lindquist S., Lofy K.H., Wiesman J., Bruce H., et al. First case of 2019 novel coronavirus in the United States. N. Engl. J. Med. 2020; 382(10): 929-36. DOI: http://doi.org/10.1056/NEJMoa2001191

15. Yan T., Xiao R., Lin G. Angiotensin-converting enzyme 2 in severe acute respiratory syndrome coronavirus and SARS-CoV-2: A double-edged sword? FASEB J. 2020; 34(5): 6017-26. DOI: http://doi.org/10.1096/fj.202000782

16. Kuba K., Imai Y., Rao S., Gao H., Guo F., Guan B., et al. A crucial role of angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) in SARS coronavirus-induced lung injury. Nat. Med. 2005; 11(8): 875-9. DOI: http://doi.org/10.1038/nm1267

17. Ye M., Wysocki J., William J., Soler M.J., Cokic I., Batlle D. Glomerular localization and expression of Angiotensin-converting enzyme 2 and Angiotensin-converting enzyme: implications for albuminuria in diabetes. J. Am. Soc. Nephrol. 2006; 17(11): 3067-75. DOI: http://doi.org/10.1681/ASN.2006050423

18. Xiao L., Sakagami H., Miwa N. ACE2: The key molecule for understanding the pathophysiology of severe and critical conditions of COVID-19: demon or angel? Viruses. 2020; 12(5): 491. DOI: http://doi.org/10.3390/v12050491

19. Rico-Mesa J.S., White A., Anderson A.S. Outcomes in patients with COVID-19 infection taking ACEI/ARB. Curr. Cardiol. Rep. 2020; 22(5): 31. DOI: http://doi.org/10.1007/s11886-020-01291-4